针对高三补课收费的问题，您可以采取以下步骤处理：

了解政策

首先，了解当地关于高中补课收费的政策和规定。确认学校是否确实进行了补课，并核实补课收费是否符合当地教育部门的规定。

沟通协商

与学校管理层沟通，表达您的诉求，要求学校停止补课并退还已收取的费用。收集相关证据，如补课通知、收费单据、学生反馈等，以备后续举报或投诉使用。

举报投诉

如果与学校沟通无果，可以向当地的教育局或物价局进行举报。您可以通过电话（如12358）或电子邮箱进行举报。

法律途径

如果问题严重，涉及经济纠纷，您还可以通过民事诉讼途径解决。准备充分的证据材料，包括书面投诉记录、教育部门回复、补课及收费凭证等，向法院提起诉讼，要求学校退还违规收取的费用并承担相应法律责任。

媒体曝光

如果问题影响广泛，您还可以考虑通过媒体曝光或社交媒体发声引起公众关注，迫使学校整改。

寻求法律援助

若与学校沟通无果或问题严重，可寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自身权益。律师可根据具体情况，提供起诉、调解等建议。

向纪检部门投诉

如果学校坚持要求交费，且态度强硬，甚至威胁学生的学籍或毕业，这表明问题比较严重，应及时向当地教育局反映情况或咨询专业律师。

建议

及时行动：发现问题后应尽快采取行动，以免错过投诉和维权的有效期限。

保留证据：在整个过程中，务必保留好所有相关证据，以便在需要时提供证明。

合法合规：在处理过程中，确保所有行动均符合法律规定，避免因自身行为导致不利后果。

通过以上步骤，您可以有效地应对高三补课收费的问题，维护自己的合法权益。