合工大中科哪个专业好，需要根据个人兴趣和职业规划来决定。以下是两所学校的一些优势专业：

中国科学技术大学

物理学：注重基础理论与实验技能培养，学生具备从事基础科学研究和高科技开发的能力，就业面广。

电子信息科学类：培养学生电子信息科学与技术的基本理论和实践能力，毕业生能在相关领域从事科研、教学、科技开发等工作。

计算机科学与技术：培养学生掌握计算机硬件、软件与应用的基本理论和技能，职业发展路线多样。

合肥工业大学

机械设计制造及其自动化：是现代制造业的核心专业，该校该专业底蕴深厚，毕业生可在汽车制造、智能机器人研发等领域就业。

车辆工程：被誉为汽车界的“黄埔军校”，培养的人才受到用人单位好评，在汽车领域认可度高。

电气工程及其自动化：该专业在国内乃至国际上均享有盛誉，成为推动行业发展的重要力量。

建议

如果你对基础科学研究有浓厚兴趣，或者希望在未来从事高科技开发工作，中国科学技术大学的物理学、电子信息科学类或计算机科学与技术专业都是很好的选择。

如果你对工程技术有浓厚的兴趣，并且希望在未来从事汽车制造、智能机器人研发或电气工程等领域的工作，合肥工业大学的机械设计制造及其自动化、车辆工程或电气工程及其自动化专业将是一个很好的选择。

综合考虑两所学校的优势专业和个人的兴趣与职业规划，可以做出更适合自己的选择。