南浔区目前有以下高校：

浙江水利水电学院

类型：工科类应用型本科高校

管理：由浙江省水利厅与浙江省教育厅共同管理

特色：以水利水电为特色，国家水利部与浙江省人民政府共建的高校

浙江同济科技职业学院

类型：全日制高等职业学院

管理：由浙江省水利厅承办

特色：以水利水电和建筑艺术类专业为特色，培养高端技能型专门人才

此外，南浔区人民政府与上海对外经贸大学进行了地校合作签约仪式，预示着未来可能会有更多的合作项目和高等教育机构入驻南浔。