南京更名的大学包括：

东南大学：

原名南京工学院。

南京理工大学：

原名为华东工学院。

解放军理工大学：

原名为解放军工程兵工程学院。

解放军国际关系学院：

原名为解放军第二外语学院。

南京财经大学：

原名为南京经济管理干部学院。

河海大学：

原名为华东水利学院。

中国药科大学：

原名为南京药学院。

南京信息工程大学：

前身南京气象学院。

金陵科技学院：

拟更名为“南京软件科技大学”。

南京审计学院：

改为南京审计大学。

南京师范学院：

改为南京师范大学。

南京农学院：

改为南京农业大学。

南京林学院：

改为南京林业大学。

南京医学院：

改名为南京医科大学。

南京中医学院：

改名为南京中医药大学。

南京体育学院：

改名为南京体育大学。

这些大学的更名反映了它们在各自历史阶段的发展和转型，有些改名在行业内产生了积极的影响，如河海大学和中国药科大学的名称变更。