在三层民宿设计方面，以下几家公司或机构被认为是专业的：

浙江旅游职业学院：

民宿管理与运营专业全国排名第一位，不仅注重民宿的管理和运营，还涵盖了设计、市场调研和商业计划编写等相关课程。

青岛酒店管理职业技术学院：

民宿管理与运营专业全国排名第二位，同样提供了全面的设计和相关课程。

安徽财贸职业学院：

民宿管理与运营专业全国排名第三位，提供专业的民宿设计和运营培训。

AD岸狄建筑设计：

在民宿设计方面表现出色，设计的民宿在全国范围内都有良好的口碑。

河北埃达设计：

以国际化视野和先进的设计理念服务于客户，设计效果不错。

虫筑设计：

涵盖自建房、民宿、室内、景观等领域的设计，拥有众多专业设计师在线接单。

杭州象内设计：

有朋友反馈他们的设计非常受欢迎，设计质量不错。

花筑：

隶属于旅悦集团，以独特美学、在地体验、用心服务为特色，设计充满地域氛围。

松赞SONGTSAM：

以独特的藏式文化体验和高质量的服务著称，在云南迪庆藏族自治州拥有多家门店。

携程度假农庄：

提供度假住宿和休闲体验，设计注重品质和体验。

卡利古拉酒店设计集团 （CALIGULA）：

当代最具影响力的酒店设计公司之一，服务范围包括民宿酒店设计等。

根据以上信息，如果你对三层民宿设计有较高要求，可以考虑以下几家专业公司或院校：

浙江旅游职业学院、 青岛酒店管理职业技术学院、 安徽财贸职业学院：提供全面的民宿设计和运营培训，专业性强。

AD岸狄建筑设计、 河北埃达设计、 虫筑设计、 杭州象内设计：在民宿设计方面有丰富的经验和良好的口碑。

花筑、 松赞SONGTSAM、 携程度假农庄：提供独特的文化体验和高质量的服务，设计充满地域氛围。

卡利古拉酒店设计集团 （CALIGULA）：具有国际影响力的设计团队，设计水平高。

建议根据具体需求和项目定位，选择最适合的设计单位或院校进行合作。