以下是一些知名的日本铁道运输大学及其相关研究部门：

东京大学

大学院工学系研究科都市工学専攻都市交通研究室

筑波大学

都市交通研究室

広岛大学

大学院国际协力研究科交通工学研究室

长冈技术科学大学

都市交通研究室

名古屋大学

大学院环境学研究科附属「交通･都市国际研究ｾﾝﾀｰ」

金沢大学

都市･交通経済学研究室

芝浦工业大学

（未具体列出交通相关研究部门，但作为知名工业大学，可能涉及相关研究领域）

这些大学在铁道运输领域都有各自的研究重点和优势，涵盖了都市交通、交通工学、环境交通等多个研究方向。建议根据具体兴趣和研究方向选择合适的大学进行进一步的了解和报考。