南京改名的大学包括：

东南大学，原名南京工学院。

南京理工大学，原名为华东工学院。

解放军理工大学，原名为解放军工程兵工程学院。

解放军国际关系学院，原名为解放军第二外语学院。

南京财经大学，原名为南京经济管理干部学院。

河海大学，原名为华东水利学院。

中国药科大学，原名为南京药学院。

南京信息工程大学，前身南京气象学院。

金陵科技学院，拟更名为“南京软件科技大学”。

这些大学在历史上经历了名称的变更，以适应其发展战略和提升学校形象。