祁东大学包含以下学院：

1. 商学院

2. 社会发展与管理学院

3. 政治学院

4. 教师教育学院

5. 体育学院

6. 文学院

7. 外国语学院

8. 艺术学院

9. 理学院

10. 信息工程学院

11. 工学院

12. 生命科学学院

13. 医学院

14. 护理学院

此外，祁东大学还举办有1所独立学院——求真学院，并拥有4所附属医院。