截至2024年5月，徐州医科大学设有以下学院：

麻醉学院

医学影像学院

第一临床医学院

第二临床医学院

药学院

护理学院

口腔医学院

公共卫生学院

生命科学学院

管理学院

医学信息与工程学院

医学技术学院

基础医学院

继续教育学院

建议：

临床医学、 药理学与毒理学、 神经科学与行为学等7个学科进入ESI世界排名前1%，显示了学校在医学领域的领先地位。

学校拥有41所附属医院（临床学院）以及60余所教学医院及以下层次实习教学基地，为学生提供了丰富的临床实习机会。

继续教育学院成立于1999年，经过多次更名，现已成为学校服务社会的重要阵地，培养了近5万名高等学历继续教育毕业生。