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东京商船大学(现名:东京海洋大学)的专业设置主要包括以下几个领域:
海洋科学部
海洋环境学科
海洋生物资源学科
海洋食品科学学科
海洋政策文化学科
海洋工学部
海事系统工学科 - 船舶运行技术和信息技术、海事相关技术研究
海洋电子机械工学科 - 船舶机械师、大型机械品牌运用和维护管理、海洋能源系统、机器人、电子制御机器设计开发等
流通信息工学科 - 物资流动及其信息的研究
研究生院专业设置
海洋技术科学技术研究科
海洋生命科学(水圈生物科学、生物资源学、海洋生物工学)
食品机能保全科学(食品品质设计学、保健食品科学)
海洋环境保全学(海洋生物学、水圈环境化学、环境系统科学、环境系统工学、国际环境文化学)
海洋管理政策学(海洋政策学、海洋利用管理学)
海洋系统工学(环境技术学、动力系统工学、海洋机械工学、海洋人工智能、海洋探查·利用工学)
食品流通安全管理
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