南京拥有水利专业的高校主要有以下几所：

河海大学：

河海大学是一所具有百年历史的教育部直属全国重点大学，以水利为特色，工科为主，多学科协调发展。它由教育部、水利部、国家海洋局与江苏省人民政府共建，是国家“211工程”重点建设、“985工程优势学科创新平台”建设以及设立研究生院的高校。

南京大学：

南京大学是一所历史悠久、底蕴深厚的学府，以水利为特色，工科为主，多学科协调发展。南京大学水利系与交通大学、同济大学、浙江大学等高校的水利系科以及华东水利专科学校组建华东水利学院，这就是河海大学的前身。

南京农业大学：

南京农业大学在农业领域有很高的声誉，虽然它以农业为主，但也设有水利专业。

建议：

如果你对水利工程学科有较高的兴趣和追求，河海大学是一个非常好的选择，它在水利工程学科方面获得A+，与清华大学并列，处于全国顶尖位置。

南京大学作为一所历史悠久、底蕴深厚的学府，其水利系也有很强的实力。

南京农业大学在农业领域有很高的声誉，其水利专业也值得考虑。