部队提高三公里跑步成绩的方法主要包括以下几点：

逐步增加训练量

在训练初期，从一公里的距离开始，坚持三到四天，让身体逐渐适应跑步的节奏和强度。

之后，逐步增加到一点二公里、一点五公里，直至两公里。

当能够较为轻松地跑完两公里后，再朝着三公里的目标迈进。

高强度间歇训练

进行配速跑，按照固定的配速进行跑步，避免开始跑得太猛导致后面落下太多。

进行间歇跑，如200米快跑后休息400米，重复进行，提高跑步速度和耐力。

力量训练

通过深蹲、弓箭步、硬拉、俯卧撑、仰卧推举等力量训练，提高身体肌肉力量，增强跑步过程中的耐力和爆发力。

进行冲刺跑，如100-300米重复跑，配速是800-1600米的比赛配速，提高速度和心肺功能。

技术训练

掌握正确的跑步技术，包括起跑、加速跑、途中跑和终点冲刺的技术细节，以提高跑步效率和减少受伤风险。

心理训练

培养坚强的意志力和自信心，保持积极的心态，不怕苦、不怕累，坚持训练。

恢复与拉伸

跑步前后要进行充分的热身和拉伸运动，预防肌肉拉伤和损伤。

跑步结束后适当走动，使身体血液循环渐趋正常，同时补充水分，防止脱水。

合理饮食与作息

保持良好的饮食习惯，控制体重，为跑步训练提供足够的能量支持。

保证充足的睡眠和休息，帮助身体恢复和适应高强度的训练。

通过以上方法，部队可以有效提高士兵的三公里跑步成绩。建议结合个人实际情况，制定科学合理的训练计划，并持之以恒地进行训练。