高考报名时填写祖籍的原因主要有以下几点：

高考公平性

高考是一场比较公平的选拔性考试，为了确保所有考生都在相同的条件下参加考试，避免因地域差异带来的不公平因素，因此要求考生在其户籍所在地的省份参加高考。

户籍管理

户籍是记录一个人身份和归属地的重要信息，高考报名填写户籍可以确保考生的身份信息准确无误，便于教育部门进行管理和统计。

防止跨省考试

由于各省的教育资源、考试难度和录取标准可能存在差异，跨省参加高考可能会带来不公平的结果。因此，要求考生只能在自己户籍所在地的省份参加考试。

身份确认

籍贯可以作为确认考生身份的一个次要手段，帮助防止出现重名考生，确保每个考生都有唯一的身份标识。

文化和社会认同

籍贯承载着个人的文化传统和历史记忆，是个人文化认同的一部分。通过填写籍贯，考生可以了解并传承自己的文化背景，增强对本土文化的认同感。

综上所述，高考报名时填写祖籍主要是为了确保考试的公平性、准确性和有效性，同时也有助于考生确认自己的身份和文化背景。