巴伐利亚州拥有众多著名的高等教育机构，以下是一些主要的大学：

奥格斯堡大学（Universität Augsburg）

班堡大学（Otto-Friedrich-Universität Bamberg）

拜罗伊特大学（Universität Bayreut）

埃尔朗根-纽伦堡大学（Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg）

慕尼黑大学（Ludwig-Maximilians-Universität München）

慕尼黑工业大学（Technische Universität München）

帕绍大学（Universität Passau）

雷根斯堡大学（Universität Regensburg）

维尔茨堡大学（Julius-Maximilians-Universität Würzburg）

德国艾希施泰特天主教大学（Katholische Universität Eichstätt-Ingolstadt）

慕尼黑联邦国防军大学（Universität der Bundeswehr München）

德国巴伐利亚州新教教堂音乐学院（Augustana - Theologische Hochschule der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern）

这些大学在各自的专业领域内都有很高的声誉，并且提供了广泛的教育和研究机会。慕尼黑大学和慕尼黑工业大学尤其在国际上享有盛誉，被认为是德国最顶尖的两所大学。