北航经管学院中， 管理科学与工程专业被认为是最好的专业。在2006年和2012年教育部组织的一级学科评估中，管理科学与工程专业全国排名第六，并在第四轮学科评估中确定为A类学科。此外，该专业拥有管理科学与工程、应用经济学、工商管理和统计学4个一级学科博士学位授权点和1个博士后流动站。

从专业方向来看，金融工程是管理科学与工程大方向下的一个重要分支，也是近年来备受关注和有前途的专业之一。同时，北航的经济管理学院在理工科大学中表现优秀，其优势专业包括复杂数据分析、交通运输管理和管理科学与工程等方面。

综上所述，北航经管学院中管理科学与工程专业是最好的选择，具有雄厚的学科实力和广泛的应用前景。