在北京，清朝末年的私立大学主要包括以下几所：

京师大学堂：

成立于1898年，是中国第一所国立大学，也是北京大学的前身。最初位于东城马神庙街，后改名为北京大学。

北洋大学堂：

成立于1895年，是中国近代史上的第一所大学，后改名为天津大学。

清华大学：

虽然清华大学在清末并未成立，但它的前身清华学堂是在1925年成立的，1928年改为国立清华大学。

燕京大学：

成立于1919年，是当时的北京四所大学之一，但在建国后的院系调整中被撤销。

辅仁大学：

成立于1921年，是一所由罗马教廷管理的教会大学。

这些大学在中国近代教育史上具有重要意义，并为中国培养了大量杰出人才。