农村高考专项计划的弊端主要包括以下几点：

就业地点限制

农村专项计划的学生通常需要与考生签署协议，毕业后按合同执行，一般要求回生源所在地工作。

专业选择有限

农村专项计划的专业选择余地较小，学生可能只能选择部分专业，且进入学校后难以转专业。

工作条件艰苦

毕业后可能需要离开大城市，到基层城区乃至乡村工作，条件可能较为艰苦，收入可能比城市同学低。

录取分数不一定低

虽然农村专项计划有降分录取的优惠，但并非所有学校和专业都适用，热门学校或热门专业的竞争可能使录取分数水涨船高，甚至比普通录取的分数还要高。

可能无法自主择业

尽管有些学校可能要求签订协议并安排就业，但大多数情况下，学生仍需回到生源地的指定岗位，就业选择受限。

增加入学竞争

农村专项计划可能增加了农村学生的入学机会，但同时也可能增加了入学的竞争压力。

社会压力和羡慕情绪

由于政策对农村学生的经济和学校名额的优待，可能引发其他学生的羡慕和仇视情绪，导致农村学生感受到压力和不公。

综上所述，农村高考专项计划在为农村学生提供更多教育机会的同时，也存在一些弊端，如就业地点限制、专业选择有限、工作条件艰苦等。学生在选择是否参加农村专项计划时，需要综合考虑这些因素，并结合个人情况做出决策。