在山东电子职业技术学院，以下专业被认为是最好的专业：

软件技术：

该专业被认定为《高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018年）》项目骨干专业，并且是省级特色专业。

计算机网络技术：

同样被认定为骨干专业，且为省级特色专业。

电子商务：

该专业也是省级特色专业，并且在专业排名中名列前茅。

电子信息工程技术：

专注于电子设备的研发、生产、维护与管理，是省级特色专业之一。

电气自动化技术：

培养具备电气工程、自动化控制等领域知识和技能的高素质技术技能人才。

通信技术：

被认定为校级特色专业。

计算机应用技术：

也是校级特色专业。

数字媒体应用技术：

同样是校级特色专业。

动漫制作技术：

在专业排名中表现较好。

机电一体化技术：

被认定为省级特色专业，并且是山东省“十、百、千”高等职业学院教学示范专业。

根据以上信息， 软件技术、 计算机网络技术、 电子商务、 电子信息工程技术、 电气自动化技术等专业在山东电子职业技术学院中具有较高的教学水平和就业前景，可以被认为是最好的专业。建议考生和家长根据个人兴趣和职业规划，选择适合的专业进行报考。