南京拥有A类学科的大学有以下几所：

南京大学

A类学科包括：数学、化学、生物学、天文学等。

东南大学

A类学科包括：材料科学与工程、信息与通信工程等。

南京航空航天大学

A类学科包括：航空宇航科学与技术。

南京理工大学

A类学科包括：化学工程与技术。

南京农业大学

A类学科包括：植物科学、农业资源与环境、植物保护、农林经济等。

南京师范大学

A类学科包括：暂无具体列出，但属于双一流建设高校。

综上所述，南京拥有A类学科的大学共有6所。