南京本科冷门专业的排名如下：

医学院-100210外科学

马克思主义学院-030505思想政治教育

物理学院-070206声学

商学院-125300会计

物理学院-071011生物物理学

电子科学与工程学院-070208无线电物理

哲学系-010108科学技术哲学

医学院-100207影像医学与核医学

环境科学与工程专业

土木工程专业

建筑学专业

工商管理专业

新闻传播学类专业（广告学、广播编导学等）

电子商务专业

商务英语专业

市场营销专业

公共事业管理专业

力学专业

听力专业

兵器类专业

请注意，冷门专业的排名可能会随着时间和市场需求的变化而变化，以上信息仅供参考。