慈禧太后时期，中国的高等教育体系开始受到重视，其中清华大学和北京大学都与慈禧太后有一定的历史联系。

清华大学

前身：清华学堂，成立于1911年。

历史联系：清华学堂的前身是清华园，1909年被拨给学务处作为游美肆业馆的馆址，后改名为清华学堂。1910年，清华学堂进行了第二次招考，录取了70名学生赴美留学。

北京大学

前身：京师大学堂，始建于1898年。

历史联系：京师大学堂是中国历史上第一所仿照西方大学模式建立的综合性学府。1898年7月3日，光绪帝代表慈禧批准了设立京师大学堂的提案。1912年，京师大学堂改制为北京大学。

同文馆

历史联系：同文馆也是慈禧太后时期创办的重要学府之一，标志着中国近代教育的开端。

京师法律学堂

历史联系：京师法律学堂也是慈禧太后时期创办的教育机构之一。

自强学堂

历史联系：自强学堂是武汉大学的前身，也是慈禧太后时期创办的教育机构之一。

这些学校在当时均属于中国高等教育的重要组成部分，并且对后续的教育发展产生了深远影响。