南京的军工大学主要包括以下几所：

南京理工大学

南京理工大学被誉为“国防七子”之一，以卓越的军工科研成就著称。学校拥有多个国家重点学科和国家级特色专业，如安全工程、自动化、光学工程等。

中国人民解放军陆军工程大学

前身是解放军理工大学，是陆军唯一的工程技术院校，集人才培养与科技研究并重。

中国人民解放军海军指挥学院

主要负责培养海军中高级指挥人才，是解放军海军最高学府。

中国人民解放军陆军指挥学院

曾用名南京高级陆军学校，编制为正兵团级。

中国人民解放军国防科技大学

国防科技大学与中国人民解放军炮兵防空兵学院都在南京设有分校区。

中国人民解放军陆军炮兵防空兵学院南京校区

该学院也在南京设有校区。

中国人民解放军南京政治学院

主要负责培养政治工作人才。

这些学校在南京乃至全国的军工领域都具有重要地位，涵盖了从工程技术到指挥管理、从安全工程到光学工程等多个领域。建议根据具体兴趣和专业方向选择合适的学校进行报考。