截至2025年，福州马尾区的大学包括以下几所：

福州大学阳光学院

位于马尾卧龙山庄附近，是一所与福州大学联办的学院。

福建农林大学东方学院

位于马尾琅岐，是与福建农林大学合办的学院。

福建省对外经济贸易职业技术学院

位于马尾亭江镇。

福州船政海洋（职业）大学（福州职业技术学院升本）

建设进展方面，马尾区政府曾召开新闻发布会表示，该项目已完成项目立项、概念设计等前期工作，正在进行初步设计深化，预计将在未来某个时间点交付使用，但具体交付时间和招生时间需等待学校官方通知。

其他学院

福建商业高等专科学校

福建商业学院

福州海峡职业技术学院

福州理工学院

福州交通船政职业学院

福建信息职业技术学院

福建幼儿师范高等专科学校

福建艺术职业学院

福建体育职业技术学院

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