根据最新的排名信息，以下是目前医药软件专业排名较高的大学：

北京协和医学院

全国参考排名：第16位

北京协和医学院在医药类大学排名中位居第一，显示出其在医学领域的卓越地位。

首都医科大学

全国参考排名：第39位

首都医科大学在医药类大学排名中位列第二，综合实力排在全国第69名。

南方医科大学

全国参考排名：第46位

南方医科大学简称南医大，是全国首批、广东省唯一一所“部委省”共建的全国重点大学。

南京医科大学

全国参考排名：第48位

南京医科大学被评为双一流，学校的知名度进一步提高。

哈尔滨医科大学

全国参考排名：第51位

哈尔滨医科大学在软科-医药排名中位列前茅。

中国医科大学

全国参考排名：第54位

中国医科大学在医药类大学排名中表现出色。

天津医科大学

全国参考排名：第55位

天津医科大学在医药类大学排名中占据重要位置。

北京中医药大学

全国参考排名：第83位

北京中医药大学在医药类大学排名中也有不错的表现。

重庆医科大学

全国参考排名：第86位

重庆医科大学在医药类大学排名中位列前十。

上海中医药大学

全国参考排名：第10位

上海中医药大学在医药类大学排名中表现出色。

建议

根据以上排名信息，北京协和医学院在医药软件专业中位居榜首，显示出其在医学领域的卓越地位。首都医科大学、南方医科大学和南京医科大学等高校也在医药类大学排名中表现出色，适合不同学生的选择。建议学生在选择学校时，综合考虑学校的学术水平、师资力量、科研成果以及地理位置等因素。