南通大学在新疆的专业设置包括以下几种：

临床医学：

2023年招生人数为4人，这是招生人数较多的专业。

计算机科学与技术：

2023年招生人数为5人，其中计算机科学与技术（理）专业招生5人。

高分子材料与工程：

2021年计划招生1人，学制四年，学费为5800元。

电子科学与技术：

2021年计划招生1人，学制四年，学费为5800元。

工商管理：

2021年计划招生2人，学制四年，学费为5200元。

建议：

临床医学和 计算机科学与技术是2023年南通大学在新疆招生人数较多的专业，考生可以优先考虑这两个专业。

高分子材料与工程、 电子科学与技术和 工商管理也是值得考虑的专业，具体选择应根据个人兴趣和职业规划来决定。

由于每年的招生情况可能会有所变动，建议考生及时关注南通大学官方发布的最新招生信息。