制药工程专业的就业缺点主要包括以下几点：

课程内容过于理论化：

一些制药工程课程可能过于注重理论，导致实践与理论脱节，学生难以理解和应用所学知识。

就业难度较大：

由于制药行业竞争激烈，一些毕业生可能会面临就业难度较大的问题。此外，一些制药工程岗位可能需要一定的经验，对于初入职场的学生来说可能会有一定的挑战。

实验条件和实践机会不足：

一些学校的制药工程实验条件和实践机会可能不够充足，导致学生难以获得足够的实践经验。

薪资水准一般：

药物制剂技术专业应届毕业生由于经验不足，所以基本收入不会太高，一般能达到底薪3000-4000元不等，相比于其他专业就业薪资而言不算可观。

课程学习具有难度：

由于我国对于药物的质检工作有着严格的把关，因此对于人才的培养问题尤为重视。对于课程的安排也是刻板严谨的，所以学生在学习本专业期时可能会产生一定的不良心理情绪。

就业方向较窄：

制药工程专业的毕业生主要就业方向包括制药厂工人、药品贸易公司医药代表、县级及以下医院药房工作人员等，这些岗位相对较为局限。

行业竞争激烈：

现在医药行业不怎么景气，竞争越来约激烈，本科毕业要么去车间要么在外面跑销售，搞科研不几乎不可能。

薪资水平相对较低：

制药工程专业的薪资水平相对较低，尤其是对于刚毕业的学生来说，薪资一般只能达到底薪3000-4000元不等。

就业压力大：

由于医药行业的高竞争和严格的质检要求，制药工程专业的毕业生在就业时可能会面临较大的压力。

研究方向局限：

制药工程专业的生工方向性很强，但作为一个交叉学科，其就业可选的方向相对其他药理专业较少，主要集中在制药厂、药品贸易公司、医院药房等领域。

综合以上几点，制药工程专业的就业市场虽然需求大且行业稳定，但同时也存在一定的挑战和局限性。学生在选择该专业时，需要充分考虑这些因素，并做好相应的职业规划。