复旦分数高考低分的原因主要有以下几点：

地区差异：

上海高考的总分本身就比外地少100分左右，上海高考总分才630分，而要考复旦的必须600分，这在全国范围内已经是一个相对较高的分数。

考试难度：

上海考生面临的考试难度较大，能够错误的题目数量远低于其他省份的考生。有上海考生通过考试移民到外地考试，因为外地的试卷相对简单很多。

招生名额：

复旦大学在上海的招生名额较少，竞争非常激烈，导致分数相对较高。

专业选择：

复旦大学在某些年份和专业上可能面临高分生的纠结，热门专业可能吸引更多高分考生，而冷门或边缘专业可能导致分数下降。

医学院的影响：

复旦大学的医学院是合并其他医学院而来，底蕴自然不能和复旦大学相比，这也可能影响其整体分数。

学习热情：

当前社会对医学的学习热情不高，可能导致医学院的录取分数相对较低。

综上所述，复旦分数高考低分的原因是多方面的，包括地区差异、考试难度、招生名额、专业选择、医学院的影响以及学习热情等。建议考生在选择学校和专业时，综合考虑自身情况和各个因素，做出明智的选择。