北京协和医学院在多个排名中均被认为是排名第一的医科大学。依据如下：

2024年软科排名中，北京协和医学院位列全国第16名。

2023年软科排名中，北京协和医学院位列全国第21名。

2024年校友会排名中，北京协和医学院位列全国第30名。

2024年软科医药类院校排名中，北京协和医学院位列第一。

2025年软科排名中，北京协和医学院位列全国第32名。

因此，综合多个来源的信息，可以得出结论： 北京协和医学院在全国医科大学中排名第一。