西南交通大学在多个学科领域具有显著优势，以下是一些最好的专业：

交通运输工程：

该专业在全国的专业排名中位居第一，并且是唯一的A+学科。交通运输工程依托全国排名第一的交通运输工程国家重点一级学科，连续十二年全国排名第一，就业前景非常广阔。

土木工程：

土木工程专业是国家级一流本科专业建设点和国家级特色专业，于1997年、2002年、2007年通过了国家教育部和住建部组织的全国高等学校土木工程专业教育合格评估。在全国第4轮学科评估结果中，土木工程学科获评A-，就业前景广阔。

电气工程及其自动化：

该专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业和国家重点专业，由电气工程学院开设。2007年获评首批“国家级特色专业”，2010年入选首批国家“卓越工程师培养计划”，2012年入选首批“国家级专业综合改革试点——国家重点专业”，2019年入选国家级一流本科专业建设点。

交通工程：

交通工程专业是国家级一流本科专业建设点、国家级特色专业和四川省品牌专业，是国内最早创立交通工程专业的三所大学之一。该专业依托全国排名第一的交通运输工程国家重点一级学科，就业前景很好。

机械设计制造及其自动化：

机械工程专业在国内具有很高的声誉，车辆工程专业也是国家级特色专业之一。

信息与通信工程：

通信工程、电子信息工程、计算机科学与技术是信息时代下的热门专业。

建筑环境与能源应用工程：

该专业也是国家级一流本科专业建设点。

物流工程：

物流工程专注于物流规划与管理，对现代社会的高效运转至关重要。

综上所述，西南交通大学最好的专业包括交通运输工程、土木工程、电气工程及其自动化、交通工程、机械设计制造及其自动化、信息与通信工程、建筑环境与能源应用工程和物流工程等。这些专业在全国乃至国际上都具有很高的声誉和影响力。建议根据个人兴趣和职业规划选择最适合的专业。