直辖市高考分数低的原因主要有以下几点：

人口基数小：

直辖市的人口基数相对较小，例如北京、上海的考生人数在5万左右，而山东、河南等省份的考生人数则高达70多万。人口基数小意味着竞争相对较小，因此录取分数线较低。

高校数量多：

直辖市通常拥有较多的高校资源，例如北京有众多高等院校，本土本科院校数量达到30所，而山东有51所。这些高校不仅数量多，而且很多名额会优先分配给本地学生，从而降低了本地考生的录取门槛。

地方保护政策：

直辖市往往有地方保护政策，倾向于招收本地学生。这种政策使得本地学生在高考中具有一定的优势，录取分数线相对较低。

教育资源分配：

直辖市的教育资源相对丰富，学生的整体素质较高。由于教育资源充足，理论上学生的竞争压力较小，因此录取分数线也会相应降低。

经济发达：

直辖市通常经济发达，职普分离较早，为高考分流了大批考生。这意味着更多的学生可以通过职业教育等途径进入大学，而不是只能通过高考，从而降低了高考的竞争压力和录取分数线。

综上所述，直辖市高考分数低的原因主要包括人口基数小、高校数量多、地方保护政策、教育资源分配以及经济发达等多方面因素。这些因素共同作用，使得直辖市的考生在高考中相对容易取得较低的分数和较高的录取率。