高考结束后，存在两份档案的情况主要出现在 复读生身上。具体原因如下：

高中档案

高考结束时，如果学生未被录取，其高中档案会被退至户口所在地进行管理。

复读期间档案

在复读期间，学校会为每位学生单独建立一份学生档案，记录复读期间的学习情况和成绩。

因此，复读生在高考结束后会有一份高中档案和一份复读期间建立的档案，共计两份档案。

建议

合并档案：在报考时，学校通常会要求复读生将两份档案合并，以便于确认考生身份和学业成绩。

妥善保管：建议学生及时与大学或相关部门沟通，确保两份档案能够顺利合并，避免影响入学手续的办理。