新疆的对口支援高校包括以下几所：

新疆大学

支援高校：清华大学、西安交通大学、武汉大学、中南大学、中国人民大学、北京师范大学、大连理工大学、同济大学、北京外国语大学、东华大学、中国矿业大学、中山大学、东北师范大学、厦门大学、四川大学、电子科技大学等。

新疆农业大学

支援高校：浙江大学、南京农业大学、西北农林科技大学、北京林业大学、华北电力大学、河海大学、江南大学、合肥工业大学、中国海洋大学等。

石河子大学

支援高校：北京大学、华中科技大学、华东理工大学、华中农业大学、重庆大学、江南大学、对外经济贸易大学、南京师范大学、华南农业大学等。

塔里木大学

支援高校：中国农业大学、浙江大学、华中农业大学、北京化工大学、东北大学等。

新疆医科大学

支援高校：中南大学、吉林大学、北京中医药大学等。

新疆师范大学

支援高校：中国科学技术大学、华东师范大学等。

喀什师范大学

支援高校：南开大学、华中师范大学等。

伊犁师范学院

支援高校：南京大学、东北师范大学等。

新疆财经大学

支援高校：中国人民大学、中央财经大学等。

新疆艺术学院

支援高校：中国传媒大学、中央美术学院、中央音乐学院等。

昌吉学院

支援高校：山东大学、陕西师范大学等。

西藏大学

支援高校：北京大学、武汉大学、中国农业大学、西南交通大学、中央财经大学、河海大学、华南师范大学等。

西藏民族学院

支援高校：中山大学、厦门大学、华东师范大学、东南大学、北京外国语大学等。

西藏藏医学院

支援高校：北京中医药大学、哈尔滨医科大学、江西中医学院等。

贵州大学

支援高校：浙江大学等。

贵州师范大学

支援高校：厦门大学、华中师范大学等。

贵州师范学院

支援高校：华中师范大学等。

贵阳医学院

支援高校：苏州大学等。

贵州民族学院

支援高校：华南理工大学等。

毕节学院

支援高校：西南科技大学、中国矿业大学（北京）等。

贵州财经学院

支援高校：中央财经大学等。

青海大学

支援高校：清华大学、西北农林科技大学、中国地质大学、华东理工大学等。

青海师范大学

支援高校：陕西师范大学、兰州大学等。

青海民族大学

支援高校：天津大学、厦门大学等。

重庆医科大学

支援高校：华中科技大学等。

重庆三峡学院

支援高校：东南大学等。

西北大学

支援高校：南京大学等。

延安大学

支援高校：北京理工大学、中国人民大学等。

西安体育学院

支援高校：上海体育学院等。

内蒙古农业大学

支援高校：中国农业大学等。

31. 呼和浩特民族学院

支援高校：中央民族大学等。

32. 西北师范大学

支援高校：北京师范大学等。

33. 西北民族大学

支援高校：四川大学等。

34. 兰州理工大学

支援高校：东南大学等。

35. 云南大学

支援高校：复旦大学等。

36. 大理大学

支援高校：华中师范大学等。

37. 宁夏大学

支援高校：上海交通大学等。

38. 宁夏医科大学

支援高校：山东大学等。

39. 北方民族大学