截至2025年，巴彦淖尔市（巴盟）至少有一所全日制普通高等院校，即 河套学院。河套学院是一所位于内蒙古自治区巴彦淖尔市的本科院校，具有内蒙古自治区和巴彦淖尔市两级管理体制。它起源于1985年建立的河套大学，2000年4月合并了巴盟教育学院和巴盟师范学校，并于2012年3月29日经教育部批准升格为本科层次。

此外，巴彦淖尔市还有一所全日制民办普通高等职业院校，即 内蒙古美术职业学院。这所学院也是内蒙古自治区人民政府批准成立的，并且具有教育部备案，具有独立颁发国家承认学历证书的资格。

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