高三数学中的同构问题之所以难，主要有以下几个原因：

概念抽象：

同构涉及到函数的基本性质和变换，这些概念相对抽象，需要学生具备较高的抽象思维能力才能理解。

知识综合应用：

同构问题通常需要学生综合运用多个数学知识点，如代数、几何、导数等，这要求学生具备较强的知识整合能力。

变换技巧：

同构问题往往涉及到复杂的函数变换，如平移、旋转、缩放等，这些变换技巧需要学生熟练掌握，并且能够灵活应用。

题型多样：

同构题型多样，包括求导数、极值、拐点判定等，每种题型都有其特定的解题方法和思路，学生需要针对不同的题型进行专项练习。

思维转变：

数学不仅仅是计算，更重要的是思维的转变，从具体到抽象。同构问题要求学生能够进行这种思维转变，这需要长期的训练和积累。

高考选拔功能：

高考作为选拔人才的重要方式，数学题目设计往往覆盖多个知识点，难度较大，着重考察学生的逻辑思维和运算能力。同构问题作为高考中的一种题型，自然也具备这些特点。

综上所述，高三数学中的同构问题之所以难，是因为它涉及到多个知识点的综合应用、抽象思维的培养、复杂变换技巧的掌握以及高考选拔功能的体现。要想在高考中应对同构问题，学生需要系统学习函数的基本性质和变换技巧，多做练习题，提高自己的解题能力和逻辑思维能力。