环保部并没有直接下属的高等院校，但有一些大学与环保部有共建关系，或者设有环境相关专业。这些学校包括：

河北环境工程学院：

属于河北省人民政府与环境保护部共建学校。

长沙环境保护职业技术学院：

属于环保部与湖南省人民政府共建的环保类高职院校。

清华大学：

设有环境科学与工程学院。

哈尔滨工业大学：

有环境科学与工程学院。

同济大学：

设有环境科学与工程学院。

北京大学：

设有环境科学与工程学院。

北京林业大学：

教育部直属，国家“双一流”世界一流学科建设高校，拥有环境科学与工程专业。

南京农业大学：

教育部直属，拥有环境科学与工程专业。

沈阳农业大学：

教育部直属，拥有环境科学与工程专业。

南京大学：

教育部直属，拥有环境科学与工程专业，并在环境科学与工程学科评估中排名第一。

浙江大学：

教育部直属，拥有环境科学与工程专业，并在环境科学与工程学科评估中排名第七。

北京工业大学：

拥有环境科学与工程专业，并在环境科学与工程学科评估中排名第八。

南开大学：

拥有环境科学与工程专业，并在环境科学与工程学科评估中排名第九。

天津大学：

拥有环境科学与工程专业。

华南理工大学：

拥有国家级环保公共服务实验室，开设环境科学与工程专业。

河海大学：

拥有环境科学与工程专业。

中国海洋大学：

拥有环境科学与工程专业。

中山大学：

拥有环境科学与工程专业。

东南大学：

拥有环境科学与工程专业。

大连理工大学：

拥有环境科学与工程专业。

这些学校虽然不是直接由环保部直属，但在环境科学领域具有显著的教学和研究实力，并且与环保部有不同程度的共建关系。