南京历史上曾有多所知名大学，其中包括：

国立中央大学

前身是三江师范学堂，后经过多次更名，于1952年与金陵大学的文理学院合并，成为现在的南京大学。

金陵大学

由美国基督教会美以美会在南京创办的教会大学，其前身是汇文书院，后发展成为一所综合性大学，1952年与南京大学合并。

江南陆师学堂

江苏地区最早的近代陆军学校，培养新式陆军军官，鲁迅先生也曾在此学习。

国立音乐院

后成为中央音乐学院，是中国著名的音乐学府之一。

南京工学院

成立于1902年，后改名为东南大学，是中国最早建立的高等学府之一。

南京航空学院

后改名为南京航空航天大学。

南京林业大学

成立于1902年，前身为中央大学森林系和金陵大学森林系，是中国顶尖的农林院校之一。

南京艺术学院

成立于1912年，前身为上海美术图画院，是中国著名的艺术学院。

河海大学

以水利学科著称的高等学府。

南京工业大学

前身为1902年创办的三江师范学堂和1915年的同济医工学堂附设机师科，1952年由国立中央大学和金陵大学部分院系组建而成，后独立成立南京化工学院，再改名为南京工业大学。

南京工程学院

办学历史可追溯到1915年创办的同济医工学堂，曾是国家机械工业部直属高校，2000年由南京机械高等专科学校、南京电力高等专科学校合并而来，2001年又合并原核工业部直属高校南京工业学校。

这些大学均源自1902年创办的三江师范学堂，并历经多次更名和发展，成为今天各自领域内领先的院校。