北京协和医学院的院系设置包括以下几所学院：

1. 基础医学院

2. 临床医学院

3. 药学院

4. 护理学院

5. 群医学及公共卫生学院

6. 卫生健康管理政策学院

7. 马克思主义学院

8. 人文和社会科学学院

9. 脑和类脑学院

10. 继续教育学院。

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