鄄城县目前拥有的大学包括：

菏泽学院（郓城分校），地址：山东省菏泽市郓城县东门街南段9号。前身是1950年创建的山东省郓城师范学校，2011年并入菏泽学院，2017年更名为菏泽学院（郓城分校）。教育模式：提供“3+4”高等师范教育本科，实行分段培养。

齐鲁工业大学菏泽校区，地址：山东省菏泽市牡丹区北外环路1999号。是齐鲁工业大学的一个分院，以培养本科及以上层次人才为主。

菏泽生物医药职业学院，位于菏泽市鄄城县黄河大街北､凤凰路东。规划占地882.5亩，规划建设总面积约34.5万平方米。专业设置：初期拟设置生物医药技术､药学､药品经营与管理､药品质量与安全､中药学､中医康复技术､中医养生保健､人工智能技术应用等专业。建设状态。

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