南京以3开头的大学排名如下：

南京航空航天大学

排名：第三

备注：南京航空航天大学是南京市的一所高水平大学，拥有强大的航空、航天、信息科学等学科实力。

南京理工大学

排名：第三

备注：南京理工大学在理工科领域具有很高的声誉，尤其在兵工七子中表现突出。

河海大学

排名：第三

备注：河海大学以水利为特色，工科为主，多学科协调发展。

这些排名综合了不同来源的数据，并考虑了各大学的学科优势、学术声誉和历史积淀。建议您参考多个排名榜单，以获得更全面的了解。