南京市大学排名前三十的院校如下：

南京大学

东南大学

南京航空航天大学

南京理工大学

河海大学

南京农业大学

南京师范大学

南京医科大学

南京邮电大学

南京工业大学

南京信息工程大学

南京农业大学（民办本科）

三江学院（民办本科）

东南大学成贤学院（独立学院）

南京航空航天大学金城学院（独立学院）

南京理工大学紫金学院（独立学院）

南京工业大学浦江学院（独立学院）

南京审计大学金审学院（独立学院）

南京传媒学院（民办本科）

南京工程学院

南京晓庄学院

江苏第二师范学院

金陵科技学院

南京特殊教育师范学院

南京财经大学

南京审计大学

南京林业大学

南京中医药大学

南京医科大学（ESI世界排名）

南京信息工程大学（ESI世界排名）

请注意，这些排名可能会随时间变化而有所调整，建议以最新的官方信息为准。