1999年中国大学排名如下：

清华大学

综合得分： 100.00

学术声誉得分： 100.00

论文得分： 100.00

北京大学

综合得分： 99.61

学术声誉得分： 99.61

论文得分： 45.67

南京大学

综合得分： 91.86

学术声誉得分： 64.03

论文得分： 64.03

复旦大学

综合得分： 90.23

学术声誉得分： 96.89

论文得分： 96.89

中国科学技术大学

综合得分： 89.97

学术声誉得分： 65.69

论文得分： 65.69

中国协和医科大学

综合得分： 87.60

学术声誉得分： 无数据

论文得分： 无数据

浙江大学

综合得分： 87.36

学术声誉得分： 无数据

论文得分： 无数据

上海交通大学

综合得分： 85.18

学术声誉得分： 无数据

论文得分： 无数据

南开大学

综合得分： 80.00

学术声誉得分： 无数据

论文得分： 无数据

以上排名基于1999年的数据，排名可能会随着时间的推移和评价标准的变化而有所调整。