南京市的本科学校排名如下：

南京大学

全国排名：第5名

描述：南京大学是中国历史最悠久、学科门类最全、综合实力最强的高水平研究型大学之一。作为“985”、“211”和“双一流”建设高校，南京大学拥有多个国家重点学科和实验室。

东南大学

全国排名：第13名

描述：东南大学是享誉海内外的著名高等学府，以工科为主要特色，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学、艺术学、历史学等多个学科。

南京航空航天大学

全国排名：第34名

描述：南京航空航天大学是以航空、航天、航海工程为特色的综合性大学，拥有多个国家重点实验室和研究中心。

南京理工大学

全国排名：第37名

描述：南京理工大学以兵器科技为优势，学科涵盖工、理、管、文、经等领域，是隶属于国家工业和信息化部的全国重点大学。

南京农业大学

全国排名：第45名

描述：南京农业大学以农业和生命科学为优势和特色，农、理、经、管、工、文、法学多学科协调发展，是教育部直属的全国重点大学。

河海大学

全国排名：第54名

描述：河海大学以水利为特色，涵盖工、理、经、管、文、法等多个学科，是国家“211工程”和“双一流”建设高校。

南京师范大学

全国排名：第65名

描述：南京师范大学是教育部直属的全国重点大学，以教师教育为特色，拥有多个国家重点学科和实验室。

南京医科大学

全国排名：第65名

描述：南京医科大学是教育部直属的全国重点大学，以医学为特色，拥有多个国家重点学科和实验室。

南京邮电大学

全国排名：第86名

描述：南京邮电大学以信息科技为特色，涵盖工、理、管、文、法等多个学科，是国家“211工程”和“双一流”建设高校。

南京工业大学

全国排名：第91名

描述：南京工业大学以工为主，涵盖理、管、文、经、法等多个学科，是教育部直属的全国重点大学。

南京传媒学院

全国排名：第7名（民办本科）

描述：南京传媒学院是一所民办本科院校，以传媒类专业为主。

三江学院

全国排名：第8名（民办本科）

描述：三江学院是一所民办本科院校，以工科和管理类专业为主。

这些排名基于最新的数据和评估结果，具体排名可能会因不同评价标准和时间而有所变化。建议考生在选择学校时，综合考虑学校的学科优势、师资力量、就业情况等多方面因素。