巢湖目前有两所大学，分别是 巢湖学院和合肥职业技术学院。

巢湖学院是一所安徽省属全日制普通本科院校和地方性应用型本科院校，创建于1977年，前身是巢湖师范专科学校。2002年4月，经教育部批准，升格为本科院校，更名为巢湖学院。2019年10月，巢湖学院获批新增硕士学位授予立项建设单位，并于2024年2月获批为重点立项建设硕士学位授予单位。

合肥职业技术学院是合肥市唯一的一所市属综合性高职院校，属于省教育厅确立的安徽省首批16所地方技能型高水平大学（A档）之一。它成立于2002年，由原巢湖卫生学校、巢湖农业学校（安徽省土地管理学校）、巢湖财政学校三所省重点中专学校合并升格而成。