能源环保系大学主要包括以下几所：

清华大学

浙江大学

中国矿业大学

哈尔滨工业大学

西安交通大学

上海交通大学

天津大学

北京交通大学

南京农业大学

中国石油大学（华东）

东南大学

东华大学

山东大学

北京大学

华南农业大学

大连理工大学

华中科技大学

华北电力大学

山西能源学院

沈阳航空航天大学

大连海洋大学

营口理工学院

南京工业大学

南京师范大学

浙江科技学院

浙大宁波理工学院

这些大学在能源与环境系统工程专业领域具有较高的声誉和实力，涵盖了综合类高校和一些具有特色的院校。建议根据个人兴趣和职业规划，选择合适的学校进行报考。