高三学生申请休学的时间规定如下：

最迟时间：

高三办休学手续最迟在第一学期结束的时候。

原则上不允许：

高三第二学期原则上不允许休学。

特殊情况：

学生因病或其他特殊原因连续三个月无法到校学习，或者中途出国探亲或学习超过三个月，经学校同意可以申请休学。

办理时间：

休学一般应在每学期开学后第一周内办理，以一年为期，特殊情况经学校批准可适当延长，但累计不得超过两年。

因此，高三学生如果需要休学，最晚应在第一学期结束前办理手续，并且需要提前了解并遵循所在学校的具体政策和规定。