自考本科毕业生在考研时可以选择的学校有很多，以下是一些可以考虑的院校：

985和211工程院校

清华大学

北京大学

上海交通大学

浙江大学

复旦大学

北京航空航天大学

华中科技大学

西安交通大学

国防科学技术大学

南京大学

北京理工大学

南开大学

哈尔滨工业大学

吉林大学

大连理工大学

西北工业大学

石河子大学

广西大学

其他综合性大学

中国科学技术大学

中国人民大学

天津大学

北京科技大学

211重点本科

中国海洋大学（211、985、双一流大学，不歧视自考本科学生）

中南大学（985、211、双一流大学，不歧视自考本科学生）

湖南大学（985、211、双一流大学，不歧视自考本科学生）

四川大学（211、985、双一流大学，保护第一志愿，不歧视自考本科学生）

厦门大学（不歧视自考本科生的本科学历）

东北林业大学（林业专业全国顶尖水平）

西南大学（211工程重点支持的综合性大学，对自考本科生的考研招生政策宽松）

南京理工大学（211工程重点建设高校，国家首批“211工程”重点建设高校，不歧视自考本科学生）

四川师范大学（省属重点大学，不歧视自考本科学生）

这些院校在考研时对自考本科生的本科学历没有歧视，或者至少没有明显的歧视政策，且大部分学校都有明确的政策支持自考本科毕业生报考研究生。建议考生在选择目标院校时，详细了解各院校的招生简章和政策，以确保顺利报考。