高考最难考的大学主要包括以下几所：

清华大学 和 北京大学：

这两所大学通常被认为是中国最难考的大学，录取分数线非常高，通常需要全省前百名左右才有较大把握考上。

上海交通大学和 复旦大学：

这两所大学在上海市的招生人数较多，在其他省份招生人数较少，录取分数线也非常高，通常在690分以上。

国防科技大学：

作为唯一进入“985工程”的军校，并且是“双一流”建设高校，国防科技大学的录取难度非常高，不仅要求高分，还要求学生具备良好的体能和军事训练背景。

中国科学院大学：

这所大学在学术圈享有很高的声誉，师资力量强大，科研资源丰富，录取难度同样很大。

中国科学技术大学：

作为一所理工类强校，中国科学技术大学的录取分数线也非常高，通常在770分-780分左右。

北京协和医学院：

作为医学界的顶尖学府，其医学专业的录取难度也非常高。

中国人民大学：

这所大学在人文社科领域具有很高的声誉，录取难度也相当大。

浙江大学、 南京大学：

这两所大学被称为“华东五校”，在人文社科、自然学科、土木建筑等领域都是佼佼者，竞争也非常激烈。

综合来看，清华大学和北京大学无疑是高考最难考的大学，紧随其后的是上海交通大学、复旦大学、国防科技大学、中国科学院大学和中国科学技术大学等。建议考生根据自己的兴趣和特长，选择适合的学校和专业，并制定合理的备考计划。