军校舰艇指挥专业主要学习以下课程：

《舰艇操纵与避碰》：

学习如何操纵舰艇，避免碰撞。

《航海学》：

研究海洋导航和船舶运动。

《舰艇训练与管理》：

学习舰艇的日常训练和管理工作。

《海洋气象》：

了解海洋气象知识，预测天气变化。

《舰艇机动与编队》：

学习舰艇的机动操作和编队方法。

《舰艇武器》：

掌握舰艇上武器的使用和维护。

《涉外海上执法业务》：

学习涉外海上执法的相关知识和技能。

《导航工程》：

涉及海上航行、船舶操纵、导航定位和海图解读等。

《信息工程》：

与舰艇上的通信设备、雷达系统、导航系统等电子信息技术的支持紧密相关。

《测量工程》：

与海洋资源开发、海洋结构设计、海洋工程施工等技术相关。

《军事海洋学》：

研究海洋环境对海军作战的影响。

《自动化》：

涉及舰艇上各种运动设备、维护系统的自动化技术。

《舰艇指控专业》：

指挥控制专业，是海军舰艇上的中心。

《电子对抗专业》：

电子对抗指挥与工程，应用于信息对抗的各种技术。

《船艇技术专业》：

主要学习航海学、航海仪器、船艇操纵、枪炮射击原理、船艇动力装置管理与维修、船艇电气设备与维修等课程。

《舰船维修专业》：

学习内容涵盖基础理论学习、专业课程、实践技能培养等，包括理论力学、电动力学、热力学与统计物理、量子力学、材料物理与材料应用、机械制图、机械设计基础、轮机工程基础、主推进动力装置、船舶辅机、船舶电气、船舶管理、轮机维护与修理等。

《海警舰艇指挥与技术专业》：

主要课程包括《舰艇操纵与避碰》、《航海学》、《舰艇训练与管理》、《海洋气象》、《舰艇机动与编队》、《舰艇武器》、《涉外海上执法业务》等。

这些课程涵盖了舰艇操纵、航海技术、武器使用、海洋环境、通信系统、自动化技术等多个方面，旨在培养具备全面指挥和管理能力的海军舰艇初级指挥军官。