农村限制三层以上房屋建设的原因主要有以下几点：

安全考虑：

农村自建房多为砖混结构，抗震能力较低。如果房屋层数过高，一旦出现建材偷工减料或施工质量问题，可能导致房屋开裂、下沉等安全隐患。因此，限制房屋高度有助于减少这些风险。

地基承载力：

农村的地基一般较浅，承载力有限。层数越高，对地基的要求也越高。浅基础在高层房屋中容易出现问题，如沉降、变形等。因此，限制房屋高度可以确保地基的承载力满足要求，避免出现安全隐患。

经济因素：

农村建房往往受限于经济条件，高层房屋的建设成本较高，包括材料、施工费用等。许多农村家庭在建房时会尽量节省成本，选择较低的层数。限制三层以上房屋建设有助于减轻农民的经济负担。

施工难度和质量问题：

农村自建房的施工队伍多为临时组建，专业水平参差不齐。高层房屋的建设需要更高的施工技术和更严格的质量控制，但许多农村施工队可能无法满足这些要求。限制房屋高度可以降低施工难度和质量问题。

邻里关系和采光通风：

在农村，房屋的高度和层数往往会影响邻里关系。如果房屋过高，可能会遮挡后排房屋的采光和通风，导致邻里矛盾。限制房屋高度有助于维护良好的邻里关系。

政策和管理：

政府通过制定相关政策和规定，对农村自建房的高度进行限制，有助于规范建房行为，确保房屋建设的安全、合法和有序。这些政策包括《农村住房建设技术政策（试行）》和《建筑工程施工许可管理办法》等。

综上所述，限制农村三层以上房屋建设主要是出于安全、经济、施工难度、邻里关系和政策管理等多方面的考虑。这些措施旨在确保农村自建房的质量和安全，同时也有助于维护农村社会的和谐稳定。