海军勤务学院的专业设置涵盖了军事学、工学、经济学、管理学四大学科门类，具体专业方向包括：

核心专业

电子对抗指挥与工程

舰船动力工程

核动力工程

军用水声工程

舰船消磁工程等

其他专业

后勤指挥

财务审计

军需勤务

油料勤务

物资采购与管理

海运补给

海防工程

军港管理

营房管理等

专业学位研究生专业

军事后勤

工程管理

这些专业旨在培养能够在海军各级后勤部门工作，进行后勤指挥、管理、保障等工作的专业人员。